Les actionnaires de référence sont :

- la Collectivité Territoriale de Corse (60,37%)
- Air France (11,95%)
- le Crédit Agricole (7,55%)
- la Caisse des Dépôts et des Consignations (4,75%)
- la SNCM (6,78%)
- TAT EA (2,52%) et TAT SA (1,68%)
- la Caisse de Développement de la Corse (2,34%)
- la Chambre de Commerce de Corse du Sud (1,21%)
- la Chambre de Commerce de Haute-Corse (0,84%)

En septembre 2006, la Compagnie se dote d'un nouveau mode de gouvernance articulé autour :

- d'un Conseil de Surveillance chargé de définir les grandes orientations stratégiques de l'entreprise et d'en contrôler l'application par le Directoire.
- d'un Directoire composé de professionnels du transport aérien en charge de la gestion quotidienne de l'entreprise

Le Conseil de Surveillance est composé de dix-huit membres :
11 conseillers territoriaux………………………de l'Assemblée de Corse
3 représentants………………………………………du groupe Air France
1 représentant ……………………………….de la CCI de Corse-du-Sud
1 représentant………………de la Caisse des Dépôts et Consignations
1 représentant………………………………………………… de la SNCM
1 représentant……………………………………….de l'actionnariat privé